特殊位置是指该位置上存在一种或多种对称操作。特殊位置无序，是指无序是由于对称操作引起的。如分子处在对称心、对称轴、镜面及滑移面上等，如果分子本身的对称性和晶体学对称性不一致则会出现特殊位置无序的现象。出现特殊位置无序时，在结构解析初期会发现解析出的原子位置比较混乱，构型不合理；如果分子含有较多原子则处理起来非常繁琐，需要对分子结构比较熟悉，有一定的无序处理经验，往往还需要花费很长时间来找到合理的结构模型进行精修。

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