手性分子绝对构型的测定在天然产物和不对称合成化学中有着重要的意义,而单晶结构分析是确定绝对构型的重要方法(有时候是唯一的方法)。目前国际上公认的方法是,在单晶结构分析中,表征绝对构型的参数称为Flack x parameter,当结构分析进入到最后的精修阶段时,该参数也参与到最小二乘精修中,如果该参数等于或接近0,而且该参数的偏差小于0.2,那么一般认为绝对构型就被确定了。
小分子单晶结构分析目前最常见的X-射线是MoKa,如果晶体中含有S或者S以后的元素,那么绝对构型是可以被确定的;如果晶体中所有的元素都位于S之前(例如化合物由C、H、N、O组成),那么由于这些轻元素对MoKa X-射线的反常散射太弱,所以绝对构型是不能被确定的,反映在Flack x parameter上就是,该参数的偏差大于0.2,且该参数本身也不接近0(如等于0.6)。为了解决“只由C、H、N、O组成的化合物的绝对构型的测定”这个问题,必须采用波长更长的X-射线,目前仪器厂商提供的主要是CuKa X-射线。鉴于我们组于09年购买了两台MoKa X-射线单晶衍射仪,于是我们把原有的老单晶衍射仪作了改造,把X-射线从原来的MoKa改成了CuKa,于是只由C、H、N、O组成的化合物的绝对构型也能够测定了。采用单晶结构分析方法测定绝对构型,原理上是利用最小二乘拟和,因此对数据的质量要求非常高,或者说对样品的质量要求非常高,一般我们组除了要求晶体外形完美、透明性好外,还要求单个晶粒的长宽高均在0.3mm以上,另外还要做低温数据收集,对只由C、H、N、O组成的化合物的晶体,要求还要更高一些。
综上所述,我们在测试绝对构型时,原理上没有对化合物的元素种类做特别要求,但是实际测试时,由于绝对构型的测定受数据质量的影响比较大,因此对晶体质量(也就是数据质量)要求比较高。
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