对两个荧光通道的荧光可以通过Ratio方法进行分析，当然，荧光通道可根据荧光的发射波长范围，用相应的二色镜和光栅来设定。例如可对第二个通道的荧光和第一个通道的荧光做比值，ch2(intensity)/ch1(intensity)，不同的颜色代表不同的比值，可通过直接观察颜色的变化来分析两个通道荧光强度的变化。还可根据实际情况选择不同的公式，也可用来分析FRET效率和离子浓度。

细胞染色后，加入金属离子，观察其对荧光强度的影响。405nm激发，两个通道收集，ch1(425nm-480nm), ch2(500nm-530nm)，刻度标尺为荧光强度值。

Ratio通道，对以上两个荧光通道，ch2和ch1荧光强度做比值，刻度标尺为ch2(intensity)/ch1(intensity)值，可通过直接观察颜色的变化来分析两个通道荧光强度的变化。

    另外，因激光使用AOTF（Acoustic Optical Tunable Filter）进行控制，也就是可任意区域和任意激发强度的选择，因此可用于FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching), FLIP (Fluorescence Loss in photobleaching) 以及 FRET（Fluorescence Resonance Energy Transfer）。